許多自閉癥兒童至少首先表現(xiàn)出免疫失調(diào)，要么反應(yīng)過度，要么反應(yīng)不夠。一些研究者和醫(yī)生已經(jīng)整理出一套理論，當(dāng)一個病弱的孩子遭遇環(huán)境侵害時（例如汞接觸或者接受疫苗中弱化的病毒），孩子的免疫系統(tǒng)的打擊對象不僅是真正的過敏原而且還包括看起來像過敏原的大腦的分子構(gòu)造。

　　自免疫過程的一個秘密是孩子體內(nèi)有針對中樞神經(jīng)系統(tǒng)蛋白質(zhì)髓磷脂保護(hù)蛋白質(zhì)（MBP）的自抗體。一項對比研究把33個自閉癥孩子跟18個正常孩子，20個智力遲緩孩子，12個唐氏綜合癥孩子做了比較，58%的自閉癥孩子體內(nèi)發(fā)現(xiàn)抗髓磷脂保護(hù)蛋白質(zhì)的自抗體，其他孩子中只有9%的幾率。

　　這是一個令人振奮的發(fā)現(xiàn)，因為髓鞘形成是人腦發(fā)育的重要組成部分。在髓磷脂像護(hù)套一樣把神經(jīng)包圍起來，神經(jīng)必須依賴髓磷脂才能有效地傳導(dǎo)能量的脈沖。就像電線的絕緣外層，髓磷脂的脂肪層幫助把電流圍護(hù)起來，從而保持神經(jīng)電信號的完整性。當(dāng)電線的絕緣遭到破壞或毀壞時，電流就會中斷或者短路。當(dāng)免疫系統(tǒng)共計自身的髓磷脂時，短路就在大腦里發(fā)生了。神經(jīng)的軸突就停止正常工作。

　　自免疫的研究結(jié)果為自閉癥的其他亞型及其成因提供了理論支持。如前所述，含有乙烷汞或者活性病毒的疫苗可能早就造成孩子免疫失調(diào)，營養(yǎng)狀況失衡，以及體質(zhì)虛弱。另外，越來越多的臨床數(shù)據(jù)顯示一些自閉癥孩子患有慢性的，臨床癥狀不明顯的感染癥，而這些感染癥對于孩子的不良特性具有重要的病因?qū)W價值。