便攜式DNA測序儀用在埃博拉病毒基因組上

2018-01-09 來源：轉化醫(yī)學網(wǎng) 標簽：掌上醫(yī)生喝茶減肥一天瘦一斤安全減肥 cps聯(lián)盟美容護膚

摘要：生物學家想要MinION可以有更快和更準確的性能，并且在毫無準備的情況下能夠簡單地將樣品放到測序儀上。

　　這一轉變以前從沒有用于該領域的流行病學家，當他們試圖消滅西非疫情時能幫助他們追查感染源?？偛课挥诘聡鴿h堡的歐洲移動實驗室項目正在幾內(nèi)亞科亞治療中心建立一個專門的MinION實驗室，機器將在那里被用于測序病人的DNA。

　　Quick與NicholasLoman一起研究埃博拉病毒基因組（兩人都是英國伯明翰大學的生物信息學家），其中Quick說：“這是序列的民主化，你不必依賴于昂貴的基礎設施和設備。”

　　Quick與Loman的研究例證了是什么激發(fā)了生物學家建立MinION，一個由英國牛津納米孔技術研制的手掌大小的基因測序儀。該設備是便攜式的、廉價的。它能夠讀出相對長的遺傳序列的延伸，越來越多地用于理解基因組的復雜區(qū)域需求的能力。它插在筆記本電腦的USB端口，產(chǎn)生的數(shù)據(jù)在電腦顯示屏上隨時顯示，而不是在幾天的運行結束后。

　　圣克魯斯加利福尼亞大學的一位生物學家DavidDeamer認為：“MinION是非同尋常的，我們現(xiàn)在都處于那種高權。”

　　去年春天通過給研究者提供設備和流動細胞的早期訪問計劃首次發(fā)布MiniON，測序儀的一次性工作量相當于一筆1000美元的存款。在5月14和15日的倫敦會議上，用戶可以分享他們測試裝置和寫程序來分析產(chǎn)生數(shù)據(jù)的經(jīng)驗。例如，Deamer正在用它探測和研究可能會引起地球早期生命的核酸種類。

　　試點方案已幫助牛津納米孔從最近的失態(tài)中恢復過來。它們承諾在2012到2013年不僅僅推出MinION，還要推出能在15分鐘內(nèi)給出人類基因組序列的其它機器。這些超高速機器尚未應驗，但公司在2014年二月份推出了MinION。初步測試表明，它幾乎沒有承諾的那么快，給出一個令人擔憂的錯誤數(shù)。但牛津納米孔已經(jīng)做出了改進；試點用戶最近的出版物已經(jīng)表明MinION可以做的不少。它可以可靠地測序如細菌和酵母等的小基因組。它可以區(qū)分密切相關的細菌與病毒，閱讀人類基因組的復雜部分，并區(qū)分每個染色體對所攜帶的這兩種不同的基因。

　　然而仍然有大量MinION不能做的。用該機器測序大的基因組是不現(xiàn)實的：Schatz估計用當前的版本測序人類基因組的等效要花一年的時間。與那些現(xiàn)有的全尺寸測序儀相比，該機器仍然會識錯5-30%的DNA序列，差錯率較高。它也有閱讀序列的長、重復區(qū)域的困難。

　　改進到來了：MinION多次讀取每一個遺傳基礎，生物信息學家在試點計劃中開發(fā)了糾錯方法，結合這些讀到的數(shù)據(jù)得到一個低得多的整體錯誤率的結果。

　　生物學家想要MinION可以有更快和更準確的性能，并且在毫無準備的情況下能夠簡單地將樣品放到測序儀上。用戶希望倫敦會議上，該公司將推出該技術改進的性能和速度。該設備的價格也是一個很大的未知數(shù)；低成本是設備吸引力的很大一部分，但牛津需要向它的投資者證明，他們便宜賣出設備仍然可以賺錢。