基因異構(gòu)體可更好地預(yù)測(cè)癌癥患者的生存時(shí)間

2016-06-15 來(lái)源：健客網(wǎng)社區(qū) 標(biāo)簽：掌上醫(yī)生喝茶減肥一天瘦一斤安全減肥 cps聯(lián)盟美容護(hù)膚

摘要：這種新方法使用生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)，分析患者的基因信息，幫助醫(yī)生們更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)患者的生存時(shí)間，以及選擇或調(diào)整治療方案，以實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療。UCLA的研究人員使用該方法進(jìn)行了乳腺癌、腦癌（膠質(zhì)母細(xì)胞瘤或低級(jí)神經(jīng)膠質(zhì)瘤）、肺癌、卵巢癌和腎癌的精準(zhǔn)預(yù)測(cè)。

　　對(duì)于一位癌癥患者來(lái)說(shuō)，醫(yī)生需要預(yù)測(cè)該患者能生存多久、哪種治療方法更加有效，那么，能否通過(guò)大數(shù)據(jù)和精準(zhǔn)醫(yī)療的方法來(lái)提高醫(yī)生預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性？最近，加州大學(xué)洛杉磯分校（UCLA）的科學(xué)家們開(kāi)發(fā)了一種新方法，能夠幫助醫(yī)生們提高這種預(yù)測(cè)的準(zhǔn)確性。

　　這種新方法使用生物醫(yī)學(xué)大數(shù)據(jù)，分析患者的基因信息，幫助醫(yī)生們更準(zhǔn)確地預(yù)測(cè)患者的生存時(shí)間，以及選擇或調(diào)整治療方案，以實(shí)現(xiàn)精準(zhǔn)醫(yī)療。UCLA的研究人員使用該方法進(jìn)行了乳腺癌、腦癌（膠質(zhì)母細(xì)胞瘤或低級(jí)神經(jīng)膠質(zhì)瘤）、肺癌、卵巢癌和腎癌的精準(zhǔn)預(yù)測(cè)。

　　該新方法使用癌癥樣本的高通量RNA測(cè)序(RNA-seq)數(shù)據(jù)，分析基因的不同異構(gòu)體（同一個(gè)基因經(jīng)由選擇性剪接產(chǎn)生的多種RNA和蛋白質(zhì)）。利用這種方法，UCLA的研究人員能夠分析不同異構(gòu)體的比率，尋找基因序列中重要但細(xì)微的差別。該方法稱為SURVIV（survivalanalysisofmRNAisoformvariation），是第一個(gè)使用RNA-seq數(shù)據(jù)對(duì)癌癥樣本進(jìn)行基因異構(gòu)體生存分析的統(tǒng)計(jì)方法。

　　研究人員發(fā)現(xiàn)了約200種與乳腺癌患者生存時(shí)間相關(guān)的基因異構(gòu)體，其中一些預(yù)示著較長(zhǎng)的生存時(shí)間，另一些則預(yù)示患者的生存時(shí)間較短。利用這些信息，科學(xué)家們可通過(guò)抑制那些與較短生存時(shí)間相關(guān)的基因異構(gòu)體，從而阻止疾病發(fā)展。

　　據(jù)稱，研究人員使用了一種稱為C-index的度量標(biāo)準(zhǔn)評(píng)估了這些生存預(yù)測(cè)因子的預(yù)后能力，并發(fā)現(xiàn)在6種不同的癌癥類型中，這種基于基因異構(gòu)體的預(yù)測(cè)比常規(guī)使用的基于基因整體豐度的預(yù)測(cè)準(zhǔn)確性更好。

　　邢毅表示：“該結(jié)果是令人興奮的，一個(gè)人類基因通常會(huì)通過(guò)選擇性剪接產(chǎn)生7~10個(gè)異構(gòu)體。我們的研究結(jié)果表明，與基因整體豐度相比，基因異構(gòu)體的比率是預(yù)測(cè)癌癥患者生存時(shí)間更為有效的分子標(biāo)記物”。SURVIV的開(kāi)發(fā)花費(fèi)了兩年多的時(shí)間，研究人員分析了來(lái)自癌癥基因組圖譜（TCGA）的2,684位癌癥患者的樣本。

　　他說(shuō)，“在癌癥中，有時(shí)一個(gè)基因產(chǎn)生兩種異構(gòu)體，其中一個(gè)促進(jìn)癌癥轉(zhuǎn)移，另一個(gè)抑制轉(zhuǎn)移。理解這兩種異構(gòu)體的差異對(duì)治療癌癥非常重要。目前，我們的研究剛起步，以后希望把該方法應(yīng)用到更大的數(shù)據(jù)集中去，以了解更多的信息，并且開(kāi)發(fā)對(duì)于預(yù)后和治療方案進(jìn)行有效預(yù)測(cè)評(píng)估的臨床工具。”

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