乙型流感病毒是引起季節(jié)性流感的重要病原之一。根據(jù)最新的估計(jì)，季節(jié)性流感每年可致全世界30-60萬人死亡，而由乙型流感病毒引起的季節(jié)性流感病例可占全部病例的一半以上。

與甲型流感病毒相比，乙型流感病毒感染兒童和老年人引起的并發(fā)癥更為嚴(yán)重，致死病例從發(fā)病到死亡的時(shí)間比甲型流感更短。目前對乙型流感病毒基礎(chǔ)研究遠(yuǎn)少于甲型，人們對有關(guān)乙型流感的諸多問題，包括與宿主的相互作用、致病機(jī)理和宿主免疫防御機(jī)制都知之甚少。

劉文軍課題組用高通量測序技術(shù)測定了乙型流感感染病毒的人肺細(xì)胞系A(chǔ)549的轉(zhuǎn)錄組，并系統(tǒng)地研究了該細(xì)胞系對乙型流感病毒感染的宿主轉(zhuǎn)錄應(yīng)答。通過基因注解分析、轉(zhuǎn)錄因子靶點(diǎn)分析、干擾素組分析，KEGG信號通路分析發(fā)現(xiàn)，III型干擾素（包括IFN-λ1、λ2、λ3和λ4）而非I型干擾素（IFN-α/β）主導(dǎo)的天然免疫信號級聯(lián)和廣泛的抗病毒基因表達(dá)是宿主轉(zhuǎn)錄應(yīng)答的顯著特征。

布尼亞病毒是一大類負(fù)義分段RNA病毒，它是組成成員最多的RNA病毒群之一。由于新布尼亞病毒的不斷發(fā)現(xiàn)，國際病毒命名委員會(huì)（ICTV）于2016年將原來的布尼亞病毒科升級為布尼亞病毒目，包含9個(gè)科。

一些布尼亞病毒是節(jié)肢動(dòng)物傳播病毒，可引起致命的人類疾病，例如剛果出血熱、裂谷熱和近年來在我國流行的蜱蟲病等。劉文軍課題組研究了布尼亞病毒目九個(gè)科各代表成員的核糖核蛋白復(fù)合物（RNP）的組成成分的原子結(jié)構(gòu)、相互作用方式、在病毒生命周期中的功能機(jī)制，并在此基礎(chǔ)上提出了RNP中的N蛋白和L蛋白相互協(xié)同進(jìn)行病毒基因組轉(zhuǎn)錄的模型。