2006年,對于美國康涅狄格州紐黑文耶魯大學(xué)病理學(xué)家DavidRimm來說,一切都進(jìn)展得很順利。他研究了一項(xiàng)有效治療黑色素瘤皮膚癌的指導(dǎo)方法,有望挽救生命。這項(xiàng)技術(shù)的基礎(chǔ)是抗體——可以結(jié)合成為特殊生物學(xué)分子的Y形大蛋白,而且可以在樣本中標(biāo)志它們的存在。Rimm已經(jīng)發(fā)現(xiàn)了一種抗體結(jié)合方法,當(dāng)用其為腫瘤活組織“染色”時,可以形成一種表示患者是否需要服用一些烈性藥物以阻止術(shù)后復(fù)發(fā)的模式。他為此已經(jīng)籌備了200萬美元,準(zhǔn)備推動該技術(shù)的臨床應(yīng)用。
但是在2009年,事情卻變得四分五裂。當(dāng)Rimm預(yù)定了一系列新鮮抗體之后,他的研究團(tuán)隊卻不能再復(fù)制出原始研究成果。而這些抗體來自于同一家公司的同一批貨,因此性質(zhì)也被認(rèn)為應(yīng)該是相同的——然而這些抗體卻難以產(chǎn)生同樣的染色模式,甚至對同樣的腫瘤也是如此。Rimm被迫放棄自己關(guān)于黑色素瘤抗體療法的研究。“我們學(xué)到了教訓(xùn):不應(yīng)該依靠它們。”他說,“那是一次讓人痛苦的實(shí)驗(yàn)室會議。”
抗體是生物科學(xué)中應(yīng)用最普遍的工具,它們在很多實(shí)驗(yàn)中被用于分辨和區(qū)別其他分子。但現(xiàn)在很清楚,它們也是最易出問題的地方。很多人認(rèn)為,抗體是被稱作研究“再現(xiàn)性危機(jī)”的主要驅(qū)動因素。一些拙劣的抗體可能會比其他任何實(shí)驗(yàn)室手段更容易產(chǎn)生問題,對此深有體會的賓夕法尼亞州TetraLogic制藥公司首席技術(shù)官GlennBegley說,他是一項(xiàng)備受爭議研究的作者,該研究表明:在53項(xiàng)地標(biāo)性研究論文中,有47項(xiàng)無法復(fù)制。
一些深受抗體危害的科學(xué)家準(zhǔn)備談?wù)撨@個問題,但是目前來看,稱其為一項(xiàng)運(yùn)動或許仍然為時尚早。
買家須審慎驗(yàn)證
加拿大多倫多西奈山醫(yī)院蛋白質(zhì)組科學(xué)家IoannisPrassas有著慘痛的經(jīng)歷。他和同事一直在跟蹤研究一種叫作CUZD1的帶白質(zhì),他們認(rèn)為該蛋白可以用于檢測一些人是否存在胰腺癌。他們買了一個蛋白質(zhì)檢測儀器設(shè)備,花費(fèi)了兩年時間、50萬美元并積累了上萬名患者樣本,最后卻發(fā)現(xiàn)該設(shè)備中的抗體在識別另一種不同的癌癥蛋白CA125,根本沒有與CUZD1結(jié)合。
在回顧中,Prassas說,匆忙進(jìn)行一項(xiàng)可能有前景的假說意味著他和研究團(tuán)隊沒能進(jìn)行所有正確的檢測。“如果有人說,‘這是一篇你可以使用的文章’,你是如此渴望測試它,以至于最后忘了并不包括在文章中的情況。”
大多數(shù)購買抗體的科學(xué)家都會相信瓶裝上的標(biāo)簽,Rimm說:“作為一名病理學(xué)家,我已經(jīng)得到了教訓(xùn),你必須驗(yàn)證抗體。”
抗體是由大多數(shù)基準(zhǔn)動物產(chǎn)生的用以靶向入侵者如細(xì)菌的免疫系統(tǒng)。自上世紀(jì)70年代開始,科學(xué)家就開始開發(fā)各種抗體用于研究。如果一名研究人員給一只兔子注射了一種相應(yīng)蛋白,一種被稱為B細(xì)胞的白細(xì)胞就會開始針對該蛋白產(chǎn)生抗體,而且可以從其血液中采集到這種抗體。而作為一種始終如一的產(chǎn)物,B細(xì)胞可以被檢索到,并與一種“永生化細(xì)胞”相融合,然后經(jīng)過培育提供理論上可以達(dá)到無窮盡的供應(yīng)量。
30年前,需要抗體用于實(shí)驗(yàn)的科學(xué)家必須親自動手制作抗體。但是上世紀(jì)90年代末,大量公司開始接管這一工作程序。
今天,有超過300家公司銷售200多萬種抗體用于研究。據(jù)一家全球性咨詢機(jī)構(gòu)弗若斯特沙利文公司相關(guān)數(shù)據(jù)統(tǒng)計,在2011年,其市場價值已達(dá)到16億美元。
抗體并非“神奇試劑”
在生物學(xué)領(lǐng)域,表觀遺傳學(xué)研究嚴(yán)重依賴抗體來檢測調(diào)控基因表達(dá)的蛋白如何被修飾。2011年,一項(xiàng)對246個用于表觀遺傳學(xué)研究的抗體測試發(fā)現(xiàn),其中有四分之一的抗體在特異性檢測中失敗,意味著它們經(jīng)常會與超過一個以上的靶標(biāo)相結(jié)合。而且其中有4個抗體特異性很明確,但是卻完全搞錯了靶標(biāo)。
說來有趣,科學(xué)家一直知道,生物學(xué)領(lǐng)域的一些抗體是存在問題的,但是整體而言,這些問題很難對整個生物學(xué)領(lǐng)域產(chǎn)生大問題??赡芤?guī)模最大的評估來源于人類蛋白質(zhì)圖譜,這項(xiàng)由瑞士一家財團(tuán)支持的研究旨在針對人類基因中的每一種蛋白制作出抗體。
目前,該研究已經(jīng)檢測了大約兩萬種商業(yè)抗體,并發(fā)現(xiàn)其中不超過50%的抗體能被有效應(yīng)用于分辨保存切片組織中的蛋白分布。這可能會讓一些科學(xué)家認(rèn)為,超過一半的可獲取商業(yè)抗體都不可靠。
但可靠性需要依賴實(shí)驗(yàn)。“我們對于商業(yè)抗體的經(jīng)驗(yàn)是,它們在一些應(yīng)用中經(jīng)常還可以,但是可能在另一些應(yīng)用中會出現(xiàn)可怕的結(jié)果。”瑞典斯德哥爾摩皇家理工學(xué)院生物學(xué)家、參與人類蛋白質(zhì)圖譜研究項(xiàng)目的MathiasUhlén說。
意識到抗體問題的研究人員說,科學(xué)家需要更加警惕。“抗體不是生物研究領(lǐng)域的‘神奇試劑’。你不能僅僅把它們丟在樣本中,然后期待得到的結(jié)果會100%可靠,而不對其作出哪怕一點(diǎn)的關(guān)鍵思考。”加州大學(xué)戴維斯分校神經(jīng)學(xué)單克隆抗體研究領(lǐng)域首席科學(xué)家JamesTrimmer說,他所在的研究部門主要制作神經(jīng)科學(xué)方面的抗體。和很多供應(yīng)商一樣,他所在的機(jī)構(gòu)也會詳盡地說明一種抗體應(yīng)該被使用的實(shí)驗(yàn)種類,但是科學(xué)家經(jīng)常不遵循他們的指導(dǎo)說明。
實(shí)際上,研究人員會拒絕購買沒有廣泛試驗(yàn)數(shù)據(jù)的抗體,或者他們自己會進(jìn)行有效驗(yàn)證。不得已之下,很多研究人員不得不依靠口口相傳的方式或是發(fā)表文獻(xiàn)的方式征求建議。但是這也會產(chǎn)生自續(xù)性問題,導(dǎo)致一些效果更好的抗體后來卻使用得很少,或是不怎么使用,挪威奧斯陸大學(xué)蛋白質(zhì)組研究人員FridtjofLund-Johansen認(rèn)為。“市場上其實(shí)有非常好的抗體。”他說,“但是我們不知道它們在哪里。”
Lund-Johansen現(xiàn)在正試圖通過發(fā)展高通量分析改變這一問題,這種技術(shù)可以即刻對上萬個抗體進(jìn)行對比。
時間是考驗(yàn)
在過去10年中,各種試圖讓抗體信息更容易被獲取的平臺項(xiàng)目迅速崛起。比如由人類蛋白質(zhì)圖譜研究項(xiàng)目維持的在線試劑門戶網(wǎng)Antibodypedia,到目前為止已經(jīng)編錄了180多萬種抗體,并評價了各種實(shí)驗(yàn)技術(shù)的驗(yàn)證數(shù)據(jù)。但是在275項(xiàng)研究中,少于一半的產(chǎn)品測試均被打了折扣,僅僅賺到了一個所謂的“獨(dú)立驗(yàn)證”勛章。
此外,其他商業(yè)和非營利性機(jī)構(gòu)也在幫助科學(xué)家檢測抗體。但是這些努力中沒有一項(xiàng)在科學(xué)界站穩(wěn)腳跟。很多科學(xué)家根本沒有意識到這些資源的存在。
抗體市場變得如此擁擠、龐大,質(zhì)量問題已經(jīng)日益成為一些供應(yīng)商的商業(yè)計劃的一部分。“現(xiàn)在,市場上有如此多的競爭,必須要讓自己與眾不同。”英國一家生物技術(shù)咨詢機(jī)構(gòu)領(lǐng)袖TimBernard說。一些供應(yīng)商,如劍橋的Abcam公司正在鼓勵用戶匯報他們自己的數(shù)據(jù),并在該公司網(wǎng)站上進(jìn)行排名。Abcam公司的商業(yè)行為統(tǒng)計表明,它的顧客在購買前平均會核對9次數(shù)據(jù)頁面,這說明顧客需要獲得更多信息。
一些科學(xué)家呼吁進(jìn)行更徹底的改變。在《自然》雜志近期的一項(xiàng)評論中,新墨西哥州勞斯阿拉莫斯國家實(shí)驗(yàn)室的AndrewBradbury和100多位簽名人提出對抗體的制造和銷售方式進(jìn)行大規(guī)模轉(zhuǎn)變。他們建議僅使用已經(jīng)被定義到DNA序列水平的抗體,然后在設(shè)計的“重組細(xì)胞”中制造它們。
這種提議將會規(guī)避大量由動物生產(chǎn)所導(dǎo)致的變異性。但是該提議需要被許多公司視作商業(yè)機(jī)密的單個抗體信息,而且這種現(xiàn)有抗體市場以及數(shù)百萬種產(chǎn)品將需要被廢除與重建。
當(dāng)前,辨別可獲取抗體的壓力日益增加。Trimmer則對抗體市場的態(tài)度不大樂觀,他認(rèn)為未來的抗體質(zhì)量可能會龜速爬行,而不是跳躍式前進(jìn),他希望看到一個更加樂觀的反饋回路:當(dāng)科學(xué)家開始意識到偽劣產(chǎn)品后,他們更可能會挑戰(zhàn)現(xiàn)實(shí),揭露更多偽劣產(chǎn)品。他表示,好在當(dāng)前人們對抗體普遍存在的漫不經(jīng)心的態(tài)度已經(jīng)開始褪去。“現(xiàn)在已經(jīng)峰回路轉(zhuǎn)了一點(diǎn)兒。”他說,“我們還需要繼續(xù)討論這個話題。”