由于目前沒有特效的抗病毒藥物，尖銳濕疣的治療必須采用綜合治療。
(一)治療誘因：白帶過多，包皮過長、淋病。
(二)提高機體免疫力。
(三)應用抗病藥物。一般只要堅持規(guī)則的綜合治療都可治愈。
1. 手術(shù)療法
對于單發(fā)、面積小的濕疣，可手術(shù)切除;對巨大尖銳濕疣，可用Mohs氏手術(shù)切除，手術(shù)時用冷凍切片檢查損害是否切除干凈。
2. 冷凍療法
利用-196℃低溫的液體氮，采用壓凍法治療尖銳濕疣，促進疣組織壞死脫落，本法適用于數(shù)量少，面積小的濕疣，可行1-2次治療，間隔時間為一周。
3. 激光治療
通常用CO2激光，采用燒灼法治療尖銳濕疣，本療法最適用女陰、陰莖或肛周的濕疣。對單發(fā)或少量多發(fā)濕疣可行一次性治療，對多發(fā)或面積大的濕疣可行2-3次治療，間隔時間一般為一周。
4. 電灼治療
采用高頻電針或電刀切除濕疣。方法：局部麻醉，然后電灼，本療法適應數(shù)量少，面積小的濕疣。
5. 微波治療
采用微波手術(shù)治療機，利多卡因局麻，將桿狀輻射探頭尖端插入尖銳濕直達疣體基底，當看到就體變小、顏色變暗、由軟變硬時，則熱輻射凝固完成，即可抽出探頭。凝固的病灶可以用鑷子挾除。為防止復發(fā)，可對殘存的基底部重復凝固一次。
6. β-射線治療
我們應用β-射線治療尖銳濕疣取得了較為滿意的效果，該方法療效高，無痛苦、無損傷、副作用少，復發(fā)率低，在臨床上有推廣價值。
7. 藥物療法
(1)足葉草脂：本療法適用濕潤區(qū)域的濕疣，例如發(fā)生于包皮過長而未曾作包皮環(huán)切除手術(shù)的龜頭及會陰部的濕疣。但對宮頸尖銳濕疣不能用足葉草脂治療。用20%足葉草脂酊劑涂到皮損處或用藥前，先有油質(zhì)抗菌藥膏保護皮損周圍的正常皮膚或粘膜 ，然后涂藥，用后4-6小時，用30%硼酸水或肥皂水清洗，必要時3天后重復用藥，該藥是國外用于本病治療的首先藥，一般用一次可愈。但有很多缺點，如對組織破壞性大，使用不當可引起局部潰瘍。毒性大，主要表現(xiàn)為惡心、腸梗阻、白細胞及血小板減少，心動過速、尿閉或少尿，故使用時必須謹慎，發(fā)現(xiàn)上述反應時，應立即停藥。
(2)抗病毒藥：可用5%酞丁胺霜劑，或用0.25%皰疹凈軟膏，每日2次，外涂。無環(huán)鳥苷口服，每日5次，每次200mg，或用其軟膏外用，α-干擾素每日注射300萬單位,每周用藥五天。或干擾素300萬單位注入疣體基部，每周2次。連用2-3周，主要副作用為流感樣綜合癥，局部用藥副作用較少且輕微。
(3)腐蝕劑或消毒劑：常用有30%-50%三氯醋酸或飽和二氯醋酸，或18%過氧乙酸。用10%水楊酸冰醋酸或40%甲醛、2%液化酚、75%乙醇蒸餾水100ml混合溶液，點涂局部，用于龜頭、肛周濕疣，每日或隔日一次，效果甚好。消毒劑可用20%碘酊外涂，或2.5-5%碘酊注射于疣體基部，每次0.1-1.5ml，或用新潔爾滅外涂或以0.1-0.2%外敷，后者需配合全身療法。
(4)抗癌藥
① 5-氟脲嘧啶(5-F u)：一般外用5%軟膏或霜劑，每日2次，3周為一療程。2.5%~5%氟脲嘧啶濕敷治療陰莖、肛周尖銳濕疣，每次敷20分鐘，每日一次，6次為一療程。也可用聚乙二醇作基質(zhì)，加入占其干質(zhì)5%的5- F u粉劑制成栓劑，治療男女尿道內(nèi)尖銳濕疣，也可用5- F u基底注射，多者可分批注射。
② 噻替哌：主要用于5-F u治療失敗的尿道內(nèi)尖銳濕疣，每日用栓劑(每個含15mg)，連用8天，也可將本品60mg加入10-15ml消毒水中，每周向尿道內(nèi)滴注，保持半小時，副作用有尿道炎。亦可用本品10mg加入10ml浸泡患處，每日3次，每次半小時，治療陰莖、龜頭冠狀溝濕疣，主要用于經(jīng)其它方法治療后，尚有殘存疣體或復發(fā)者。也可將此溶液再稀釋兩倍浸泡局部，以預防復發(fā)。
③ 秋水仙鹼：可用2-8%的生理鹽水溶液外涂，涂兩次，間隔72小時治療陰莖濕疣，涂后可出現(xiàn)表淺糜爛。
④ 爭光霉素或平陽霉素：用0.1%的生理鹽水溶液作皮損內(nèi)注射，每次總量限制在1毫升(1 mg)，大多一次可愈。平陽霉素為爭光霉素換代品，用法基本相同，亦有用平陽霉素10 mg溶于10%普魯卡因20ml內(nèi)注射。
8.免疫療法
① 自體疫苗法:用病人自己的疣體組織勻漿(融冷滅活病毒)，并進行加熱處理(56℃一小時)收集上清液注射，可用于頑固性肛周濕疣。
② 干擾素誘導劑：可用聚肌胞及梯洛龍。聚肌胞每日注射2 ml，連用10天，停藥1-2月后，再繼續(xù)用藥。梯洛龍每日3次，每次300 mg，停藥4天，或隔日口服600 mg。
③ 干擾素、白介Ⅱ，靈桿菌素，利百多聯(lián)合應用，療效較佳。
(4)治療方法的選擇：
①男女兩性外生殖器部位可見的中等以下大小的疣體(單個疣體直徑<0.5 cm，疣體團塊直徑<1cm，疣體數(shù)目<15個)，一般外用藥物治療。
②男性的尿道內(nèi)和肛周，女性的前庭、尿道口、陰道壁和宮頸口的疣體;或男女兩性的疣體大小和數(shù)量均超過上述標準者，建議用物理方法治療。
③對于物理療法治療后，尚有少量疣體殘存時，可再用外用藥物治療。
④無論是藥物治療或物理治療，必須做醋酸白試驗，盡量清除包括亞臨床感染在內(nèi)的損害，以減少復發(fā)。
⑤孕婦尖銳濕疣的治療：在妊娠早期應盡早治療;在臨近分娩仍有皮損者，如阻塞產(chǎn)道，或陰道分娩會導致嚴重出血，則應考慮剖宮產(chǎn);鬼臼毒素(足葉草毒素)、足葉草酯、氟尿嘧啶有致畸作用，孕婦禁用;咪喹莫特對孕婦的安全性尚未確定。孕婦可選用50%三氯醋酸溶液外用、激光治療、冷凍治療或外科手術(shù)治療。尖銳濕疣不是終止妊娠的指征，當疣體較大，阻塞產(chǎn)道或?qū)е聡乐爻鲅獣r，需考慮剖宮產(chǎn)。
3.注意事項
(1)自然轉(zhuǎn)歸形式：自行消退、保持不變、大小及數(shù)目增加。部分患者未進行任何治療也可愈合。
(2)目前的尖銳濕疣治療方法可以降低傳染性，但可能不能根除其感染性。
(3)應根據(jù)患者的病情和要求、可用的資源及醫(yī)師的經(jīng)驗選擇合適的治療方法。
(4)患者多合并其他感染，治療前應進行必要的檢查，局部合并有炎癥或其他感染時，應先控制其他感染及炎癥，以免導致治療后皮損擴散。
(5)治療后應進行隨訪，無論用何種方案治療，一旦疣體被除去，應保持局部清潔和干燥，促進創(chuàng)面愈合，可局部外用抗生素軟膏，必要時可口服抗生素，以防繼發(fā)細菌感染。
(二)預后
尖銳濕疣的預后一般良好，雖然治療后復發(fā)率較高，但通過正確處理最終可達臨床治愈。