發(fā)病情況與蟲株的毒力，機(jī)體免疫狀況和共生內(nèi)環(huán)境等多方面因素有關(guān)。多數(shù)無臨床癥狀。表現(xiàn)以腹瀉為主的吸收不良綜合征，糞便呈水樣，可帶有黏液，多無膿血，量大，惡臭。常伴有惡心、嘔吐、腹脹、腹痛及低熱、乏力和食欲減退。兒童因腹瀉可引起貧血及營養(yǎng)不良，出現(xiàn)消瘦、體重減輕及生長滯緩等。侵襲膽道表現(xiàn)為膽囊炎和膽管炎癥狀。
本病根據(jù)患者有腹瀉、腹脹、上腹部疼痛或不適感，糞便惡臭，并可發(fā)現(xiàn)藍(lán)氏賈第鞭毛蟲等一般診斷不困難。

鑒別診斷應(yīng)考慮阿米巴痢疾、細(xì)菌性痢疾或其他原因引起的胃腸炎。以上腹部疼痛、肝大壓痛、肝功能受損者則考慮膽囊炎、膽道感染和病毒性肝炎，反復(fù)查找藍(lán)氏賈第鞭毛蟲是鑒別的重要步驟。