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加拿大團隊開發(fā)出基于NGS平臺的丙型肝炎病毒基因分型及耐藥檢測

2018-07-20 來源：中國病毒學論壇  標簽： 掌上醫(yī)生 喝茶減肥 一天瘦一斤 安全減肥 cps聯(lián)盟 美容護膚
摘要：據英屬哥倫比亞大學艾滋病毒卓越教學中心的負責人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費進行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛(wèi)生機構最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團隊正在努力組建相關的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數(shù)據庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。

 日前，英屬哥倫比亞大學（以下簡稱英屬哥大）卓越教學中心的研究人員開發(fā)了一種基于高通量測序的丙型肝炎病毒檢測方法，該方法可鑒定產生耐藥的病毒變種。研究人員表示，該檢測方法還可進行病毒分型，是PCR、雜交和基于Sanger平臺檢測技術的有力補充。與傳統(tǒng)檢測方法，基于NGS的檢測方法具有更佳的檢測范圍及堿基分辨率。

 
據英屬哥倫比亞大學艾滋病毒卓越教學中心的負責人安妮塔·豪爾介紹，目前，加拿大的患者均可免費進行該檢測，但豪爾表示，她希望加拿大衛(wèi)生機構最終能夠覆蓋該檢測，她估計檢測約需270美元。研究團隊正在努力組建相關的國際聯(lián)盟，并建立丙型肝炎病毒耐藥變種數(shù)據庫，以針對耐藥菌株的增加采取對策。
 
丙型肝炎的獨特之處在于90％至95％的長期感染者實際上是可以治愈的。然而，治療藥物比較昂貴，三個月的療程的費用高達30000~50000美元。因此，對患者采用適宜的藥物雞尾酒療法至關重要。
 
此外，一些患者感染了天然耐藥的病毒株，如果在開始治療之前不知道這些基因信息，那么這些患者的治療將會以失敗告終，患者將繼續(xù)攜帶病毒，有著較高擴散耐藥丙肝病毒的風險。豪爾強調，通過實施耐藥檢測，不僅有希望將治愈率提高，還將阻止丙型肝炎耐藥株的傳播。
 
基于此，英屬哥大艾滋病毒卓越教學中心的研究人員開發(fā)了基因分型和耐藥檢測，對104堿基組成的丙型肝炎病毒基因組進行完整測序。該檢測在IlluminaMiSeq平臺上進行，此前研究人員已經用Sanger測序檢測對特異性耐藥突變的兩個患者隊列進行了驗證。通過檢測一個包含70位患者的隊列的特異性耐藥突變，發(fā)現(xiàn)了一個針對藥物Olysio（辛伐他?。┠退幮缘耐蛔儭４送?，該團隊還進一步在90位采用蛋白酶和NS5A抑制劑雞尾酒療法的患者體內檢測到存在NS3/4A、NS5A和NS5B基因耐藥突變，進一步驗證了NGS檢測的準確率。
 
檢測能夠同時鑒定丙型肝炎病毒基因分型。豪爾說，有七種不同的丙肝病毒基因型，大多數(shù)丙肝藥物都是基因型特異的。她表示：“如果你對錯誤的基因型使用錯誤的藥物，治療失敗的可能性就會很大。”
 
丙型肝炎病毒基因分型的標準方法是基于實時PCR方法?；蚍中蜋z測通常僅分析104對堿基丙型肝炎病毒基因組的約100個堿基對。但是，由于丙型肝炎病毒的突變率如此之高，因此有時檢測會鑒定為不正確的基因型，或者無法鑒定基因型中的特定亞型。豪爾介紹，對整個丙型肝炎病毒基因組進行測序可以改善基因分型。
 
對一位病人的傳統(tǒng)診斷檢查流程是，醫(yī)生首先進行基因分型檢測，然后根據分型信息進行耐藥檢測——只尋找與特定基因型相關的耐藥突變。所以如果基因分型檢測是錯誤的，那么基于Sanger檢測方法的耐藥檢測也將失敗，豪爾說。但是，通過對整個丙型肝炎病毒基因組測序，可同時收集基因分型和耐藥信息。
 
耐藥檢測也很重要，因為有證據表明對存在耐藥突變的患者優(yōu)化治療策略可以增加治療成功的可能性。例如，對于某些耐藥突變，治療周期只需要增加到12周以上。她說：“延長治療周期有助于清除病毒的殘余部分。”
 
對于其他類型的耐藥突變，有證據表明，將藥物利巴韋林加入雞尾酒療法有增加治療效果的可能性。豪爾說添加利巴韋林的作用原理還不完全清楚，但是一個假說是利巴韋林有助于增強免疫系統(tǒng)。
 
對完整的丙型肝炎病毒基因組進行測序的另一個優(yōu)點是，除了鑒定已知的耐藥突變外，同時也能夠鑒定潛在的新型耐藥突變。因此，研究人員也在努力開展國際合作來收集和共享數(shù)據。豪爾說，英屬哥大網站將作為構建數(shù)據庫的中樞，目前正在努力搭建IT基礎設施，并確定數(shù)據分享和隱私協(xié)議等技術細節(jié)。數(shù)據庫將能夠支持NGS測序數(shù)據以及Sanger測序數(shù)據。此外，豪爾還表示，研究團隊希望將相關知識，檢測標準流程和解讀資源輸出到其他國家，盡管她尚未制定具體的計劃。
 
豪爾介紹，目前在丙型肝炎病毒藥物仍高度有效時實施這樣一個方案，對確保藥物繼續(xù)以極高的比例治愈病人至關重要。5％~10％未被治愈的患者“將攜帶耐藥丙型肝炎病毒并繼續(xù)傳播病毒，只是這次是耐藥丙型肝炎病毒，而非野生型病毒，耐藥病毒感染的人數(shù)將隨著時間的推移而繼續(xù)擴大”。
 
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